一、应用方向的区别

金相显微镜可以广泛的应用于工厂、实验室、冶金领域对材料的分析和鉴定，是金属学、矿物学、电子学等专业的理想仪器。生物显微镜用于学校、医院，广泛应用于生物、病理、细菌、组织、免疫、遗传等教学、临床实验的领域，主要用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等，也可以观察其他透明或者半透明物体以及粉未、细小颗粒等物体。

二、结构的区别

金相显微镜与普通的生物显微镜明显的区别有两点，一是两者照明系统不一样，生物显微镜用的是透射照明，一般用来观察透时和半透明的样本，不能用来观察不透明物体，而金相显微镜主要是落射照明方式（也叫同轴照明），光源从物镜射出，主要用于观察不透明样本的表面，一些金相显微镜也有附带透射照明装置的，可同时用于观察透明样本。二是两者物镜也会不同，生物显微镜的高倍物镜都有考虑盖玻片厚度（0.17）和载玻片、培养器皿厚度（1.2），所以其物镜是通常标有 /0.17（正置显微镜）、 /1.2（倒置显微镜），正置生物显微镜10倍以下物镜则是 /-，也就是可以不考虑，这是为了校正玻璃对于光折射的影响，而金相显微镜的物镜通常标有/0 。  

明美金相显微镜MJ31就是在生物显微镜ML31基础上升级了落射模块与金相物镜，让它即保留了原有的透射光路，又新增了落射光路的功能。此外，MJ31还附带了起偏器与检偏器，所以它还可以看偏光样品，一机多用，解决多种观察需求。