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2024-08

不止ImageJ:怎么快速实现径向荧光强度分析?

荧光强度分析是论文常用技能之一,它可以量化荧光强度,从而进行对比分析或统计分析,得出可信的结果。今天我们就来介绍下如何用明美显微数码测量分析系统和ImageJ快速实现径向荧光强度分析。



近期聚苯乙烯纳米颗粒论文中使用的荧光强度分析①


一、能量曲线工具


能量曲线工具在右下角

能量曲线是明美显微数码测量分析系统的工具之一,它可以直观呈现径向直线上荧光强度变化,具有方便易用,结果直观的优点。



能量曲线使用效果

能量曲线使用非常简单,选中工具后可以在成像窗口或图片上画线,然后系统就会在线上生成一个曲线图,红蓝绿三色荧光分别呈现为红蓝绿三色曲线。曲线图以用户画的线为X轴,以光强为Y轴,Y轴有100%和50%两条线,可快速估算荧光强度。


红色荧光上使用效果

能量曲线在单色荧光中,可用于快速判断荧光强度,从而进行对比获得科研灵感,或用于曝光控制,避免ROI的目标过度曝光导致重要的细节信息丢失。而在多色荧光中,能量曲线还可以用于快速判断荧光共定位情况。


二、ImageJ/FIJI量化分析


FIJI直线工具

能量曲线方便易用,直观快速但不够量化,要更量化地进行径向荧光强度分析,需要用到ImageJ或者说FIJI(JIFI是更新版的ImageJ).首先打开荧光图片,使用直线工具画线,注意画线对比时长度数据要一致。



转换为8bit图像

我们这个荧光图是单色荧光,因此我们这里先将其转化成8bit格式,减少其他通道信号可能带来的问题,在菜单选项选择Image-Type-8bit.



打开Plot Profile

下一步打开Plot Profile,可以从菜单Analyze-Plot Profile打开,也可以直接按键盘的K键打开,打开后会呈现直线光强的曲线图。



保存数据

点击曲线图窗口的Data-Save Data,可以将数据导出成CSV格式,然后就可以用Excel或者Origin之类工具打开进行后续的数据统计分析或者曲线图绘制了。



复制全部数据

除了Data-Save Data导出成文件以外,还能使用Data-Copy All Data将数据复制到剪切板,然后直接在已经打开的Excel中进行粘贴,减少保存多个数据文件的麻烦。


Excel中曲线图绘制

一个小提醒,如果想在Excel里做出像上面论文的图片,可能还需要经过数据处理,前列是像素,需要根据软件标尺换算成尺寸,通常是μm;后列是荧光强度,因为数据是8bit的,因此数值是0-255,按255为100%做个换算来画Y轴。


今天的文章分享就到这里,希望对大家的日常工作有帮助,如您有想了解的使用技巧,也欢迎向我们提出。


引用文献:

①Sun, H., Yang, B., Li, Q. et al. Polystyrene nanoparticles trigger aberrant condensation of TDP-43 and amyotrophic lateral sclerosis-like symptoms. Nat. Nanotechnol. (2024). https://doi.org/10.1038/s41565-024-01683-5


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